A cidade de Kanemachi transborda música! Lá vivem Houjou Hibiki e Minamino Kanade, duas amigas de infância que estão juntas desde muito pequenas. Porém, quando entraram para o ginásio, por alguma razão elas começaram a brigar todas as vezes que se vêem.

Um dia, uma Fada chamada Hummy da Major Land, o Reino da Música, aparece diante delas. Hummy pede à Hibiki e Kanade para se tornarem Precure e proteger o mundo de Mephisto, o Rei do Mal, que almeja a Partitura Lendária para reescrever a Melodia da Felicidade para Melodia da Tristeza e fazer assim o mundo afundar em pesares.

Mesmo que Hibiki e Kanade não sejam capazes de olhar uma nos olhos da outra, para isto, seus corações se tornarão um só. E assim nasce uma nova lenda Pretty Cure!