A história ocorre a partir do ano de 2010. Na pífia introdução da série vemos Britania, um império colonialista, tomar conta do Japão por meio da força, usando mechas de nome Nightmare Frames, arma para o qual o Japão não estava preparado. Vencidos, os japoneses são designados "11", uma nova área sob controle de Britania. Ao mesmo tempo, somos apresentados a Lelouch Lamperouge e Suzaku Kururugi, ainda duas crianças. O primeiro jura destruir Britania a qualquer custo.
O episódio inicial já é o suficiente para saber a que veio a série. Lelouch, já com 17 anos, ajuda duas pessoas acidentadas, acaba se envolvendo com elas e, consequentemente, é acusado de terrorismo. Os dois terroristas carregavam uma arma roubada de Britania que sequer sabiam para que servia. Logo mais, Suzaku, agora soldado sob o comando de Britania, surge para auxiliar Lelouch e acaba alvejado. Os soldados de Britania, contando também com japoneses, atacam os terroristas nos guetos onde vivem os "11" (que foram excluídos da sociedade e do poder político que se instaurou, muitos se tornando apoiadores das células revolucionárias), exterminando qualquer um que se interponha, a fim de recuperar a arma roubada. Lelouch, se refugiando nesses guetos e prestes a morrer, já ciente que a “arma” era, na verdade, uma garota, vê esta lhe conceder um poder aparentemente absoluto: a capacidade de controlar a mente de qualquer um, bastando para isso olhar diretamente para a vítima. O nome desse poder é "geass".